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南京地鐵集團有限公司內設12個部門包括辦公室、組織宣傳部、人力資源部、規劃發展部、質量安全部、資產管理部、財務部、審計部、土地開發管理部（玄武區土儲中心）、工會工作部、信息中心、技術中心，1個直屬單位：南京地鐵交通設施保護辦公室，4家全資子公司：南京地鐵建設有限責任公司、南京地鐵運營有限責任公司、南京地鐵資源開發有限責任公司、南京地鐵小鎮開發建設集團有限公司，5家控股公司：南京寧高軌道交通有限公司、南京城際軌道交通有限公司、江蘇寧句軌道交通有限公司、南京寧麒開發置業有限公司、南京軌道交通產業發展有限公司。集團定位為資金的平臺、資產的平臺、資源的平臺，以資金、資產、資源為紐帶，通過建立和完善公司治理機制、業務管控機制、財務監管機制、干部聘用機制、績效考核機制、項目管理機制和資金平衡機制等七大配套機制，協同好與建設、運營、資源開發、小鎮開發四個公司的關系，促使四家公司集中精力完成好南京地鐵自身建設、運營、資源開發和小鎮開發任務。